ניתוח לצורך רישום מוחי חודרני (Invasive recordings)
ניתוח לצורך רישום מוח חודרני נעשה במידה וקיימת שאלה לגבי קיום מוקד אפילפטי נוסף מעבר למוקד הקיים, או שגבולות המוקד האפילפטי הקיים אינם מוגדרים היטב גם אחרי בדיקה לא חודרנית. במצב כזה צריך להתקדם בבירור על ידי רישום חשמלי – מתוך רקמות המוח.
הרישום הישיר מהמוח נותן רזולוציה טובה יותר של מיקום המוקד האפילפטי. בזכות הרישום ניתן לרוב להגדיר טוב את גבולות המוקד, ולתכנן את הניתוח הסופי להפחתת או הפסקת ההתקפים האפילפטיים.
קיימים שני סוגי ניתוחי מוח חודרניים; בשניהם מוכנסות אלקטרודות לתוך רקמת המוח, כדי לרשום את הפעילות החשמלית ישירות מהמוח (בניגוד לרישום EEG רגיל שנעשה חיצונית). ההבדל בין שני סוגי הניתוחים הוא בעיקר בדרך החדרת האלקטרודות.

שיטת STEREO EEG, או בקיצור SEEG לרישום מוח חודרני
בשיטה זו מוכנסות בין 4 ל- 20 אלקטרודות דמויות חוט תיל דק (כ- 1 מ”מ קוטר) דרך חתכים עוריים קטנים (כסנטימטר) וחורים קטנים (מילימטרים בודדים) הנעשים בגולגולת. הניתוח נעשה בהרדמה כללית, והמנתחים מתכננים מראש את מסלול האלקטרודות כך שיגיעו באופן בטוח ומדויק אל אזור המטרה. בסיום הניתוח המטופל מתעורר ואז מאושפז למספר ימים (לרוב 4-14 יום) כאשר האלקטרודות נמצאות בראשו (עור הקרקפת סגור, וזה לא כואב). במהלך האשפוז מופחת מינון התרופות כדי לעורר פרכוסים, ונרשמת הפעילות החשמלית מעומק המוח בזמן הפרכוסים וביניהם. ניתוח (אנליזה) של הפעילות החשמלית הנרשמת מאפשר למקם את המוקד האפילפטי, ולקבל החלטה לגבי ניתוח טיפולי.  בסיום תקופת הניטור, האלקטרודות מוסרות ממוחו של החולה תחת טשטוש (סדציה). 
מדובר בכלי יעיל מאוד לזיהוי מקור ההתקפים והרבה פעמים זהו שלב ביניים בדרך לכריתה או טיפול אחר במוקד המאפשר ריפוי מהמחלה. זיהוי נכון של המוקד המנחה כריתה נכונה של המוקד מגדיל את הסיכוי לחופש מפרכוסים לאחר הניתוח. 
על סמך הרישום והמיפוי שנעשה באמצעות האלקטרודות ניתן, בחלק מהמקרים, לתכנן ניתוח לכריתת או צריבת המוקד האפילפטי ובכך לתת למטופל סיכוי של 40-90% לריפוי מלא מהמחלה. הניתוח לכריתת המוקד האפילפטי נעשה על פי רוב באשפוז נפרד, מספר שבועות לאחר מכן. 
במידה ובסיום הרישום התוך מוחי בעזרת ה-SEEG נראה כי המוקד האפילפטי אינו בר כריתה או שיש יותר ממוקד אחד, ניתן להציע למטופל פתרונות ניתוחיים אחרים, למשל השתלת קוצב וגאלי או השתלת קוצב מוחי DBS, על מנת להפחית את תדירות וחומרת ההתקפים. השתלת הקוצב נעשית באשפוז נפרד, מספר שבועות לאחר ההחלמה מהאשפוז הנוכחי.

שיטת "גריד" לרישום מוח חודרני
דרך נוספת להחדרת אלקטרודות לניטור חודרני היא באמצעות ניתוח “גריד”, זהו למעשה ניתוח “פתוח” (קרניוטומיה). בניתוח זה, נעשה חתך אחד ממושך בעור הקרקפת, ונפתח “חלון” בעצם הגולגולת (אשר נסגר חזרה בסיום הניתוח).
דרך “חלון” זה מונחים “שטיחים” ו”רצועות” של אלקטרודות הנקראים גרידים וסטריפים (Grid and strip electrodes) ומוכנס מספר קטן של אלקטרודות עומק (מעין חוטי תיל דקים בעובי של מילימטר, דומים לאלקטרודות של ה- Stereo EEG). בסיום הניתוח העצם והעור נסגרים חזרה. המטופל מועבר (לאחר התעוררות והוצאת צינור ההנשמה) ליחידת ניטור אפילפסיה בבית החולים (יחידת ה- VIDEO EEG), לצורך זיהוי ורישום ההתקפים האפילפטיים, בדומה להליך בשיטת STEREO EEG. 
בעזרת הרישום של הפעילות החשמלית המוחית בזמן ההתקפים (בעת הפסקת תרופות) וגירוי אזורי קליפת מוח מסויימים תוך בדיקת תפקודים שונים, ניתן לזהות את המוקד המוחי האחראי ליצירת הפרכוסים. בנוסף, ניתן גם לזהות אזורי מוח החשובים לתפקודים השונים כגון אזורי שפה, אזורים מוטוריים האחראיים על תכנון וביצוע של תנועה, אזורי ראיה וכן הלאה. בעזרת רישום זה ניתן גם לוודא כי המוקד האפילפטי אינו נמצא באזור תפקודי, שכן כריתת אזור תפקודי עלולה לגרום לפגיעה בתפקוד מסוים, מצב אותו אנו מעוניינים למנוע בתכנון נכון ומדויק של הניתוח. בסיום שלב הניטור, מתקיימת שיחה עם המטופל ומשפחתו בו מוסברים לו הממצאים והאפשרויות הקיימות לטיפול במוקד האפילפטי.  
בסיום שלב זה, המטופל נכנס לניתוח נוסף, בו מוצאות האלקטרודות שהוכנסו, ובמידת האפשר, נכרת המוקד האפילפטי. במידת הצורך, ניתן לבצע חלק מהניתוח בעירות על מנת לוודא כריתה בטוחה, ללא גרימה של נזק תפקודי כלשהו לאזורים סמוכים.
במידה והרישום הציג מוקד שמערב אזורים תפקודיים כדוגמת אזורים האחראיים על שפה ותנועה, או הציג יותר ממוקד אחד או מוקד מפושט מאוד ללא גבולות מוגדרים, אז מוסרות האלקטרודות ללא כריתה של המוקד. אז, החולה מופנה לניתוח להשתלת קוצב וגאלי או קוצב מוחי DBS.

כריתת המוקד האפילפטי (Epileptic Focus Resection)
ניתוח זה מטרתו ריפוי מהמחלה. במידה והמוקד האפילפטי מזוהה וידוע (בין אם ע”י בדיקות לא חודרניות כמו MRI ו-VEEG או לאחר ניטור חודרני), ואינו נמצא באזור “תפקודי” (כלומר, המוקד האפילפטי אינו מערב באיזור החיוני לתנועת היד או הרגל, לדיבור ויצירת שפה, לראייה ולזכרון) – יש צורך בניתוח “קרניוטומיה” להסרת אזור זה על מנת לתת סיכוי של 40%-90% לריפוי מלא מהמחלה.
שאר החולים, אשר אינם נרפאים מהמחלה, חווים לרוב שיפור משמעותי בתדירות ההתקפים, כך שסה”כ הרוב המוחלט של החולים משתפרים בעקבות הניתוח. הניתוח נעשה באמצעות שימוש באמצעים מתקדמים כדוגמת מערכת ניווט מונחית MRI, CT תוך ניתוחי, מיקרוסקופ ניתוחי ודיסקציה עדינה. מטרת הניתוח הינה לגרום לחולה להיות חופשי מהתקפים אפילפטיים ללא קיפוח תפקודי. במקרה והמוקד האפילפטי נמצא בסמיכות לאזורים “תפקודיים” ויש חשש לפגיעה באזורים אלו במהלך הניתוח, הניתוח מתבצע חלקו בעירות (ללא כאבים) תוך ניטור מתמיד של התפקודים על מנת לוודא כריתה בטוחה ללא גרימת נזק.
לאחר הניתוח, המטופל ממשיך את התרופות נוגדות הפרכוסים כרגיל למשך כשנה. אם בתקופה זו אין כלל התקפים, ניתן להוריד בהדרגה את הטיפול התרופתי עד להפסקתו בחלק מהמקרים. טיפול זה מקובל בכל העולם במרכזים המתקדמים לטיפול ניתוחי באפילפסיה למעלה מ-20 שנה ונעשה בהצלחה כבר שנים רבות עם תוצאות מצוינות.
במהלך השנים פורסמו מחקרים רבים אשר מראים את בטיחותו של הניתוח, יעילותו הרבה בריפוי מהמחלה ובשליטה בתסמיניה, ועליונותו על פני המשך טיפול תרופתי/שמרני.
יש לציין כי מכלל חולי האפילפסיה העמידה לטיפול תרופתי, יש אחוז גבוה של מטופלים עם מוקד אפילפטי באונה הטמפורלית (TEMPORAL LOBE EPILEPSY). מהמחקרים הרבים הנעשו בתחום ידוע כי מטופלים עם אפילפסיה של האונה הטמפורלית נהנים במיוחד מניתוח כריתת המוקד (כריתת האונה הטמפורלית הקדמית בה נמצא המוקד) וזוכים לריפוי מלא בעד 90% מהמקרים. ניתוח זה הוגדר כאחד מהניתוחים המוצלחים ביותר הקיימים כיום בנוירולוגיה המודרנית.
חשוב לציין כי אמצעים טכנולוגיים חדשניים הקיימים כיום לטיפול “זעיר-פולשני” במוקד האפילפטי סובלים מאחוז ריפוי נמוך יותר, כאשר נעשית צריבה חלקית בלבד של המוקד, או כאשר המוקד מפושט יותר ממה שהיה נראה בשלב הראשון של הבירור. במקרים כאלה ניתן לבצע ניתוח כריתה לאחר כשלון של טיפול זעיר פולשני, כדוגמת לייזר.

גירוי מוחי עמוק (Deep Brain Stimulation ובקיצור: DBS)
אפשרות זו פתוחה כיום בפני חולים עם אפילפסיה מוקדית או רב מוקדית. מדובר בקוצב מוחי, הכולל אלקטרודה המושתלת במוח (נראית כחוט בעובי של כ- 1 מ”מ), וקוצב אשר מושתל בחזה מתחת לעור ומחובר לאלקטרודות המוחיות בעזרת חוטים מאריכים אשר מועברים מתחת לעור בצידי הצוואר. האלקטרודות המוחיות מושתלות בצורה זעיר־פולשנית ומדויקת דרך חורים קטנים בגולגולת. הפרוצדורה נעשית בהרדמה כללית.
הגירוי המוחי המתמשך גורם לירידה של כ-75% בתדירות ההתקפים ויעילותו הולכת ועולה בשנים הראשונות. הטכנולוגיה הזו מאושרת בארץ וברחבי העולם גם לשימוש באפילפסיה, לאור ההצלחה הניכרת בשליטה בהתקפים במחקרים בינלאומיים רבי משתתפים.
האלקטרודה נשארת במוח לכל המשך החיים בלי צורך להחליפה, והשיפור בתדירות ההתקפים הינו ארוך טווח. סוללת הקוצב, אשר פועל באופן רציף 24 שעות ביממה, מושתלת תת עורית בחזה ויש צורך להחליפה אחת ל- 5-10 שנים, או להטעינה אחת לשבוע (בלי צורך בהחלפה).
משך האשפוז הוא לרוב כ- 3 ימים. 

ערך זה נכתב בשיתוף ד"ר עידית תמיר